2009年，为迎接两大少年漫画周刊——周刊少年Magazine和周刊少年Sunday它们的50周年创刊纪念日，这两大日本少年漫画杂志合作推出了这款游戏《名侦探柯南·金田一少年事件薄：交错的两位名侦探》。曾经作为增刊的同名杂志中，同样也收录了两部作品中的的著名事件。然而在这次游戏里，两名主人公将会一起合作找出事件真相开展原创的故事！

　　在这次游戏中，柯南与金田一将会在和外世界所隔绝的地带展开最新的故事，在一个名为夕暗岛的神秘岛屿上，出现了可怕的失踪事件。这个神秘岛屿上所隐藏的秘密将会由柯南和金田一两人一起解开。

　　玩家在游戏中的故事舞台——夕暗岛屿内要进行移动、调查、收集情报等等行动，夕暗岛地图中将包括灯台、商店街等等详细的设备，不仅仅要使用头脑，玩家还需要到处移动来搜索对应情报。其中调查奇怪的场所将会又触摸笔进行。根据故事流程的进行，玩家所操作的主人公将会自动切换。

　　当搜索过程中，玩家发现了证物、重要的证言的时候，将会展开“特殊搜索”。利用触摸笔，玩家将要挑战各式各样的谜题。如果能够正确解开这些谜题的话，通过特殊搜索后，事件将会进入一个新的局面。