也许是是原子弹在日本人心中造成了难以磨灭的记忆，日本方面将《辐射3》有关的部分进行了改动。具体如下：
1. the power of the atom任务中，将不会有Mr Burke这个NPC，玩家也没有能力引爆那颗在megaton中心的原子弹，完成任务只能拆除炸弹的引线。
2. 同名于长崎原子弹的武器fat man将会被改名（游戏中fat man发射的也是微型原子弹）。
3. 一些人类和Ghoul的肢体粉碎动画将被删除以达到可以送交CERO评级的标准，不过其他动物的肢体粉碎动画不会取消，尸体的数量，流血多少，人肉块组成的血肉模糊的包裹数量也不会被减少。
完全日本本地化的辐射3将于12月4日登陆360，明年1月15日登陆PS3。