明朝军队占领元大都（今北京），元顺帝北逃死于应昌（今内蒙阿巴哈纳尔北旗东），其后元室宗亲仍然在大漠称王称汗，他们时常侵扰明朝边境。此外，新兴起的瓦剌部也威胁明朝北部边区，成为明朝的心腹大患。

（1）明初即有1372年（洪武5年）徐达对北元昭宗的土剌河战役。1388年（洪武21年）蓝玉北征，脱古思铁木儿在扑鱼儿海（今贝尔湖）被击溃，他与太子天保奴、知院陧怯来、丞相失烈等数十名败走，他本人被其部将也速迭儿缢杀。

（2）为了解除元朝复辟势力和瓦剌族对首都的威胁，明成祖永乐帝五次亲征漠北，他在1424年（永乐22年）北伐返师途中病死于榆木川。北伐战争中著名的有：1409年北征本雅失里，后者率部西遁，明军追至斡难河（今蒙古共和国鄂嫩河），本雅失里仅以七骑逃脱。1411年他被瓦剌部马哈木杀害。1413年（永乐11年）永乐帝亲征瓦剌三部酋：马哈木、太平和巴秃勃罗，明军驻师忽兰忽失温，成祖亲率铁骑驰击直追至土剌河。马哈木脱逃后，于1414年遣使贡马谢罪。他死后其子脱欢于1417年请袭其父王位。1418年脱欢吞并了其它二部。

（3）土木之变 也先统一漠北诸部，西破哈密，连结沙州、赤斤蒙古诸卫，东破兀良哈蒙古，胁服朝鲜，形成对明朝北方边防的全面威胁。1449年借故分兵四路寇边，明朝北部全线告急。于是，明英宗在权臣侍读太监王振蛊惑下，率50万大军于1449年（正统14年）亲征。英宗在土木堡被俘。也先在进攻北京时被于谦击败。


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